文部科学省に置かれる「国立大学法人評価委員会」が、国立大学法人及び大学共同利用機関法人の業務運営について、毎事業年度及び中期目標期間（6年）ごとに業務実績の評価等を行います。
評価にあたっては、各法人の自己点検・評価に基づき、各法人の中期目標の達成状況等について調査・分析を行い、法人の業務全体の総合的な評価を行います。
このうち、中期目標期間に係る教育研究の状況の評価については、独立行政法人大学評価・学位授与機構に評価を要請し、その結果を尊重することとなっています。
国立大学法人等の継続的な質的向上に資するとともに、評価に関する一連の過程を通じて、社会への説明責任を果たすことを目的としています。